С образованием Российской Федерации как самостоятельного государства, разделением советских Вооруженных Сил между странами СНГ возникла проблема создания и реформирования Вооруженных Сил России в новых геополитических, экономических и демографических условиях. Перед военной наукой встали задачи научного обеспечения этого процесса. К их решению была привлечена и Военная академия Генерального штаба. В академии организована работа по определению приоритетных направлений строительства Вооруженных Сил РФ, выработке положений новой военной доктрины, изысканию путей дальнейшего развития теории стратегии и оперативного искусства.
     Организованная начальником научно-исследовательского центра кандидатом военных наук, доцентом полковником В.Поповым научная работа позволяет успешно решать поставленные задачи. Учеными академии сделан обоснованный прогноз развития военно-стратегической ситуации в мире, исследован вероятный характер войн и вооруженных конфликтов XXI века, разработаны методологические основы строительства Вооруженных Сил и концепции современных операций и боя. Достигнуты существенные результаты в обосновании конкретных путей совершенствования систем обеспечения Вооруженных Сил и управления войсками, форм и методов воинского обучения и воспитания, оперативной и боевой подготовки. Решен целый ряд других научных задач.
     В академии на протяжении многих лет действуют более 10 научных школ. Основными из них являются школы, посвятившие свою деятельность изучению вопросов, связанных с обеспечением военной безопасности, повышением эффективности применения объединений видов Вооруженных Сил и родов войск, улучшением качества боевой подготовки войск и учебного процесса вузов. Основоположниками этих школ являются заслуженные ученые академии доктора наук, профессора М. Касенков, Н. Кузнецов, О. Сосюра, М. Ясюков и другие генералы и офицеры. Ими написано более тысячи научных трудов, подготовлены более 135 ученых, ряд из которых уже сам организует свои научные школы, это доктора наук В. Копытко, Г. Налетов, В. Лисовой, П. Шаманин и другие.
     В академии стало традицией проводить конференции по военно-теоретическому наследию видных военных ученых и теоретиков прошлого. Так были проведены конференции, посвященные А. Свечину, А. Снесареву, Н. Кладо, М. Драгомирову, М. Малинину, Г. Жукову. И здесь ведущую роль играет научно-методический центр отечественной военной стратегии и его руководитель доктор философских наук, профессор И. Даниленко.
     В подготовку научных кадров академии значительный вклад наряду с научными руководителями и консультантами сегодня вносят полковники В. Угримов, Ю. Безик, В. Токарев, И. Мухин. Планирование научной работы, проведение научных конференций на высоком уровне осуществляют полковники М. Сироткин, Н. Мартыненко и В. Корышко.
     Традиции научной работы в академии хранят и приумножают ее ветераны, в том числе участники Великой Отечественной войны. Они до сих пор продолжают трудиться и показывают пример научной активности и творческого долголетия. Среди них профессор Ф. Гайворонский, доктор философских наук, профессор И. Даниленко, кандидат военных наук, профессор А. Злобин, кандидаты военных наук, доценты Н. Мальгинов, В. Ткачев, А. Иняков, доцент В. Ясеновенко. Их самоотверженный научный труд, стойкость и упорство, проявленные при выполнении служебного долга, достойны глубокого уважения и благодарности.
     Еще одним важным направлением научной работы академии является привитие слушателям навыков научных исследований в области стратегии и оперативного искусства и применения объединений Вооруженных Сил РФ. С этой целью в академии активно действует военно-научное общество слушателей. Оно включает ряд военно-научных кружков .и предполагает разработку их участниками проблемных вопросов, касающихся как развития некоторых направлений военной науки, так и совершенствования способов практического применения войск. Результатом самостоятельных научных исследований слушателей являются доклады на ежегодных научных конференциях. Многие из их авторов поощряются министром обороны РФ, привлекаются к научно-педагогической и исследовательской работе.
     В последние годы заметно активизировались исследования по проблемам геополитики, общей теории безопасности государства, форм и способов применения группировок войск (сил) в вооруженных конфликтах и локальных войнах, подготовки и проведения миротворческих операций, военно-технических путей предотвращения военных конфликтов. Большое внимание уделяется разработке основных направлений военной политологии и социологии.
     Реализация стоящих перед академией задач предполагает значительную активизацию исследований проблем реформы Вооруженных Сил РФ, новых форм и способов их применения, усиление практической направленности проводимых научно-исследовательских работ. Перед академией стоят задачи выработки научно обоснованных рекомендаций по переходу на новые формы управления территориальными группировками войск, определению в соответствии с реальной экономической обстановкой в стране перспектив обеспечения безопасности государства.
     Академия Генерального штаба за 170 лет своего существования многократно, ценой больших усилий подтвердила свой высокий статус одного из крупнейших центров развития военной науки. Усиление активности международного терроризма, слом биполярного мира, частые локальные конфликты и продолжение военно-технической революции стали определяющими факторами существенного изменения направленности развития военной науки. Новые задачи по обеспечению безопасности России в начале ХХI века находят решение в среде ведущих ученых академии. Она продолжает оставаться флагманом отечественной военной науки.