Официальный Вильнюс, в отношениях с которым у России главенствующим моментом стали не экономика и торговля, а ситуация вокруг Калининградской области, преподнес Москве неприятный сюрприз. В одностороннем порядке МИД Литвы уведомил российских коллег, что уже с 1 февраля 2003 года начнут действовать изменения в национальном режиме пограничного контроля, которые фактически лишат тысячи российских граждан возможности использовать железнодорожный транспорт при поездке из Калининградской области в «большую» Россию и наоборот. В частности, Литва решила исключить из списка документов, применяемых для железнодорожного транзита, удостоверения личности военнослужащих и свидетельства о рождении детей до 14-летнего возраста в случае их поездок без сопровождения родителей. Еще одним литовским новшеством становится проставление уже с 1 февраля 2003 года отметки о въезде или выезде во все пригодные для железнодорожного транзита документы, включая российский общегражданский паспорт и удостоверения личности офицеров, и военные билеты военнослужащих, проходящих военную службу по призыву. Что автоматически в силу действующих в России законов сделает паспорта или удостоверения личности военнослужащих недействительными.
     Литовские власти вступают в явное противоречие с договоренностями, зафиксированными в ходе последнего саммита Россия - ЕС. На нем, напомним, проблема Калининграда тоже доминировала над всеми остальными вопросами двусторонних отношений России и Евросоюза. Суть договоренностей заключалась в том, что до 1 июля российским гражданам, которые направляются по железной дороге из России в Калининград, не требуется литовской визы. После 1 июля 2003 года им уже понадобятся два новых вида транзитных документов. Первый, многократный, будет действителен для всех видов транспорта, другой - разрабатывается специально для железной дороги.
     Стороны тогда отмечали «достигнутый прогресс», говоря о новых перспективах в решении калининградской проблемы. Однако Литва, похоже, решила повести дело по-своему, что не могло не вызвать у Москвы «серьезной озабоченности». Председатель Правительства РФ Михаил Касьянов имел по этому вопросу телефонный разговор с литовским коллегой Бразаускасом, в Вильнюс для переговоров по вновь обострившимся проблемам Калининграда вылетел из Франции, с сессии ПАСЕ, Дмитрий Рогозин, председатель Комитета по международным делам Госдумы и по совместительству спецпредставитель Президента РФ по Калининграду. Активно в этом направлении работает и МИД России. Действия Литвы в первую очередь касаются российских военнослужащих, поскольку балтийская республика не намерена пропускать через свою территорию пассажиров, предъявляющих военные билеты, удостоверения прапорщиков, офицеров и генералов. По словам начальника пресс-службы Балтийского флота капитана 1 ранга Анатолия Лобского, на сегодня каждый шестой военнослужащий Калининградского особого района не имеет паспорта. Кроме того, у многих солдат паспорта недействительны, поскольку во время службы в армии им исполнилось 20 лет, и теперь требуется замена документа. Таким образом, после 1 февраля остается одно - организовывать передвижение таких военнослужащих на «большую землю» либо по морю на пароме, либо самолетами военно-транспортной авиации. По словам Анатолия Лобского, паром в Санкт-Петербург пока ходит только от случая к случаю. Из-за задолженности многие авиакомпании не принимают воинские перевозочные документы. А самолетов ВТА приходится ждать порой неделями.
     Руководство Балтфлота считает, что после 1 июля, когда отменят транзитный проезд через Литву по внутрироссийским документам и будут действительны только загранпаспорта, по железной дороге (самом оптимальном виде транспорта) смогут добраться до России лишь единицы из числа офицеров и прапорщиков БФ. Загранпаспортом сегодня обеспечен лишь каждый десятый из них. У солдат же загранпаспортов нет вообще. Все эти факторы в совокупности могут ослабить боеготовность Балтийского флота, создать дополнительные трудности для проезда военнослужащих в отпуск и обратно. А главное, нарушить элементарные права россиян на свободное, беспрепятственное передвижение из одного региона своей страны в другой.