В период с 1990 по 2002 г. в условиях недофинансирования отрасли и отсутствия гособоронзаказа судоремонтный завод накопил большую кредиторскую задолженность, которая составила сумму около 400 млн. рублей. В этот же период большая часть сил Тихоокеанского флота покинула пункт базирования в этом районе. Огромные производственные мощности, в которые входит и крупнейший в мире плавучий док ПД-41, диктовали необходимость реализации инвестиционных проектов, благодаря которым можно было бы существенно обновить и модернизировать производственные мощности 30-го СРЗ, а также вывести завод из производственного кризиса. В период 2005–2006 гг. инвестиционная компания, пользуясь низким контролем и попустительством со стороны директора завода Геннадия Слугина, предприняла попытку ввести в заблуждение Минобороны РФ и Федеральное агентство по управлению федеральным имуществом. Предварительно была произведена необъективная оценка мощностей завода, которая составила мизерную сумму 41 млн. рублей. Инвесторы предполагали за эту сумму практически безосновательно приобрести все мощности 30-го СРЗ, что привело бы практически к потере завода для ВМФ. В обход управленческих структур ВМФ была составлена документация по проведению инвестиционного проекта. Руководством штаба вооружения ВМФ были предприняты срочные меры и произведены немедленные доклады в Генеральную прокуратуру и Федеральное агентство по управлению федеральным имуществом о неправомерности уже объявленного конкурса. В результате в течение двух дней процесс передачи производственных мощностей инвесторам по баснословно низкой цене был остановлен, и распоряжение ФАУФИ по этому вопросу было отменено. Но инвесторам, естественно, это очень не понравилось, и в ответ они обратились в суд. Но все судебные процессы были ими проиграны.
     Усилиями Военно-морского флота, Генеральной прокуратуры, Федерального агентства по управлению федеральным имуществом было восстановлено законное положение дел, и производственные мощности завода были сохранены. Однако данная ситуация не могла не сказаться негативно на состоянии завода и положении его трудового коллектива.
     Несмотря на то, что уже в ноябре Военно-морским флотом был полностью оплачен гособоронзаказ 2006 года, руководство завода проявило равнодушие к нуждам людей и крайнюю нераспорядительность, не выплатив им заработную плату за 3 последних месяца года.
     Для нормальной жизнедеятельности завода необходимо, чтобы наряду с гособоронзаказом завод имел и гражданские заказы (не менее 45 - 50%).
     И здесь нельзя не отметить неудовлетворительную работу руководства завода и лично его директора по привлечению гражданских заказов, которые в 2006 году составили всего только 30%.
     Это объективная оценка положения дел на заводе. И естественно предположить, что развернутая в СМИ информационная кампания является делом рук инвесторов, действия которых не дали им желаемого результата.
     Понимая сложное положение работников завода, командованием Военно-морского флота принято решение об авансировании завода, и дополнительные средства уже перечислены на Тихоокеанский флот. Начиная с 19 марта денежные средства начнут поступать в адрес завода за выполнение работ по гособоронзаказу за 2007 год, что включает в себя и средства для выплаты заработной платы.