Факультет был основан 10 декабря 1923 года при Академии Воздушного Флота им. профессора Н.Е. Жуковского. Первый выпуск командиров с высшим военно-авиационным образованием факультет произвел 29 января 1927 года. Тогда большой вклад в становление факультета внес его первый начальник генерал-лейтенант авиации Ф.Ф. Новицкий.
     В 1930 году факультет получил профиль командного. 29 марта 1940 г. в связи с созданием Академии командного и штурманского состава ВВС Красной Армии командный факультет вошел в состав этой академии (ныне ВВА им. Ю.А. Гагарина в подмосковном Монино).
     Как рассказал в канун юбилея командного факультета ВВА им. Гагарина его начальник кандидат военных наук, профессор полковник Виктор Зенков, в настоящее время на факультете 10 кафедр, где проходят подготовку слушатели. После окончания они пополнят все рода авиации и будут руководить подразделениями в основном в тактическом звене управления. По словам полковника Зенкова, на факультете действуют система контроля знаний, отлаженная тренажерная база.
     Для переменного состава есть служебные квартиры, для преподавателей строится постоянное жилье в Монино, так что семьям есть где разместиться на время службы или учебы кормильца. На территории академии имеются бассейн, спортгородки. Словом, практически все способствует оптимальному учебному процессу слушателей, и руководство командного прилагает для этого все усилия.
     Полковник Виктор Зенков руководит факультетом уже более десяти лет. Разумеется, за это время среди выпускников появились свои любимцы-ученики. Те офицеры и генералы, которыми Зенков гордится всегда. Это Герой Советского Союза и Герой Российской Федерации (посмертно) полковник Николай Майданов и ныне начальник кафедры оперативного искусства ВВС Военной академии Генерального штаба Вооруженных Сил РФ Герой России генерал-майор Анатолий Сафронов.
     Сегодня в коллективе успешно трудятся заместитель начальника факультета полковник Александр Козлов, начальник кафедры боевого применения летательных аппаратов полковник Юрий Осипов, начальник кафедры тактики истребительной авиации полковник Евгений Куликовский, начальник кафедры тактики Дальней и военно-транспортной авиации полковник Владимир Козлов. Немалые усилия в обучении офицеров прилагают и ветераны факультета: полковник запаса Владимир Полегаев, полковник в отставке Геннадий Серов и др.
     В настоящее время на командном факультете проходят обучение слушатели, участвовавшие в боевых действиях на Северном Кавказе: кавалер двух орденов Мужества майор Валерий Цурашенко, а также подполковник Олег Загретдинов и майор Василий Клещенко. По мнению командования факультета, это успешные и перспективные офицеры, которые обязательно найдут возможность применить свои знания после окончания вуза в войсках, возглавив эскадрильи, отряды, штабы частей ВВС.
     За 85 лет факультет произвел более 80 выпусков с общей численностью около 12.500 офицеров руксостава. Многие из них занимают высокие должности на государственной службе, в Центральном аппарате Минобороны, видов Вооруженных Сил и родов войск, командуют объединениями, соединениями и частями. На факультете проходили обучение главкомы ВВС маршалы авиации А.И. Ефимов, Е.И. Шапошников, генерал армии П.С. Дейнекин, генерал-полковник А.Н. Зелин.
     Сегодня в условиях реформирования Вооруженных Сил, увеличения объема задач, возлагаемых на новые структуры ВВС и ПВО, основная цель деятельности факультета – подготовить авиационного командира, владеющего теоретическими основами и практическими навыками организации и руководства боевыми действиями подразделений и частей, а также системой боевой подготовки и безаварийной летной работы. И, естественно, умеющего обучать и воспитывать личный состав в условиях повседневной жизнедеятельности.