Старт был дан 3 апреля 1939 года постановлением Совнаркома СССР о создании на базе мединститута в Куйбышеве (ныне – Самара) второй в стране Военно-медицинской академии в составе пяти курсов с общим числом в 1.500 слушателей. Ее возглавил Дмитрий Иванович Шонин, а с 1942 года – Василий Иванович Виллисов. Начальниками кафедр и преподавателями были назначены ученые и организаторы Военно-санитарной службы РККА. Слушателей академии отобрали и призвали из медицинских институтов страны. Занятия начались 1 сентября 1939 года, но уже в конце 1939 – начале 1940-го 300 слушателей пятого курса и ряд преподавателей академии были направлены в действующую армию. В том же 1939-м ряд выпускников и преподавателей участвовали в военных действиях у озера Хасан и на реке Халхин-Гол.
     23 июня 1941 года еще 200 слушателей пятого курса были направлены врачами на Западный и Юго-Западный фронты, а оставшиеся – в распоряжение Военного совета Особого Дальневосточного военного округа. Всего же за время своего существования академия провела два плановых и четыре экстренных выпуска, направив в Вооруженные Силы 1.793 военных врача.
     Во время Великой Отечественной многие питомцы академии выполняли свой врачебный долг на разных фронтах. Генерал-лейтенант медслужбы М.Н. Ахутин возглавлял хирургию ряда фронтов, И.А. Клюсс – военно-санитарную службу 3-го Украинского фронта, бывший преподаватель академии генерал-лейтенант медслужбы А.Я. Барабанов – военно-санитарные службы Донского и 1-го Белорусского фронтов. Более 70% выпускников академии в годы войны были награждены орденами. 223 не вернулись с войны. В истории сохранилась память о подвигах участников Дарницкого подполья и партизанского движения военных врачей А.В. Брусягина, М.К. Трифонова и А.К. Калганова.
     В октябре 1942 года Куйбышевская ВМедА вновь обрела статус гражданского медицинского института, но в 1951-м в этом вузе был развернут Военно-медицинский факультет под руководством полковника медслужбы Г.С. Вохмянина. Факультет провел 7 выпусков и направил в войска более 1.500 военврачей.
     В 1958-м деятельность факультета была свернута. Однако не надолго. В 1964-м Совмин СССР решил восстановить Военно-медицинский факультет при Куйбышевском мединституте со штатом в 400 слушателей. В 1977-м численность слушателей была увеличена до 1.040 человек, а в 1983-м в штате факультета появились адъюнктура, клиническая ординатура и офицерские курсы. Еще через два года факультету (единственному из четырех по стране) было доверено вести подготовку военных стоматологов. В 1992-м здесь была создана кафедра челюстно-лицевой хирургии и стоматологии, которая и поныне готовит будущих военных стоматологов, а также клинических ординаторов, адъюнктов, интернов, челюстно-лицевых хирургов и специалистов терапевтической стоматологии для войскового звена.
     В 1998 году факультет был реорганизован в военно-медицинский институт. Уже в следующем году институт обрел статус самостоятельного вуза, а в
     2000-м приступил к подготовке военных врачей еще по одной специальности – «Медико-профилактическое дело».
     Складывавшееся десятилетиями, сегодня военно-медицинское образование в Самаре представляет стройную систему подготовки профессиональных медицинских кадров для военного ведомства России. Эта система глубоко специфична и предполагает двухлетнюю додипломную подготовку слушателей (после четырех лет учебы в гражданском медицинском вузе), затем – годичную интернатуру; в последующем – обучение в адъюнктуре, ординатуре или на циклах общего и тематического усовершенствования.
     В 2001 году в структуру Самарского ВМедИ были включены 358-й окружной клинический военный госпиталь (в виде клиник на 750 коек) и 43-я консультативно-диагностическая поликлиника Самарского гарнизона. Сегодня институт располагает двумя факультетами (додипломной подготовки и послевузовского и дополнительного образования) и 12 кафедрами. Кроме того, обучение будущих военврачей осуществляется на 22 кафедрах Самарского государственного медицинского университета. В педагогическом коллективе Самарского ВМедИ трудятся 40 докторов медицинских наук (из них 30 профессоров) и 104 кандидата медицинских наук (из них 56 доцентов).
     Многие офицеры вуза имеют опыт работы в условиях чрезвычайных ситуаций и боевых действий. Среди нынешних сотрудников института и его клиник 25 человек оказывали медицинскую помощь в ходе боевых действий в Афганистане, 4 офицера участвовали в ликвидации последствий чернобыльской катастрофы, более 50 человек проходили службу в составе миротворческих сил в «горячих точках», принимали участие в лечении раненых и больных в Северо-Кавказском регионе, Республике Таджикистан. Около 60 медиков вуза удостоены государственных наград и поощрений министра обороны.
     С 1951 года в Самаре было подготовлено более 13.000 военных врачей (105 из них – золотые медалисты). Среди них нынешний начальник Главного военно-медицинского управления Минобороны РФ генерал-лейтенант медицинской службы В. Шаппо, член-корреспондент РАМН генерал-полковник медицинской службы И. Чиж, генерал-лейтенанты медицинской службы П. Вязицкий, В. Гуляев, генерал-майоры медицинской службы С. Немчанинов, В. Корбут, В. Кудинов, Ю. Щербук и другие.
     В свете последних процессов по созданию нового облика российских Вооруженных Сил на Самарский ВМедИ, как и на ряд других военных вузов, возложена еще одна задача – организовать переподготовку военнослужащих на гражданские специальности. В стенах вуза будет осуществляться переподготовка по общей гигиене, эпидемиологии и бактериологии. Коллектив кузницы военных медиков на Волге надеется, что богатый опыт, наработанный вузом, его весомый научный потенциал будут востребованы военным ведомством и в будущем.