Начало организационному оформлению военно-религиозной службы было положено Петром I. Он приступил к строительству военно-морского флота, и первые военные священники появились на военно-морских судах. Согласно Морскому уставу 1720 года, на суда назначались иеромонахи, а в редких случаях и лица белого духовенства, преимущественно бездетные вдовцы. Старший из них, обер-иеромонах, являлся «начальным священником» во флоте.
     На протяжении XVIII и XIX столетий ведомство военного духовенства неоднократно реформировалось. До XIX века оно не было обособлено и подчинялось местному епархиальному начальству по месту расположения войск. Высшими же лицами военно-духовного управления являлись обер-иеромонах флота и обер-полевые священники.
     Военно-сухопутное духовенство подчинялось обер-полевому священнику первоначально только в военное время. По указу императора Павла I в 1800 году было установлено, что полевой обер-священник и в мирное время «иметь должен в ведении своем всех священников армии… без одобрения оного полевого обер-священника никаких перемен по части армейских священников не чинить и не переменять иереев». Этим указом Павла I было положено начало созданию постоянного штата военных священников в русской армии. Создается управление военного духовенства армии и флота во главе с обер-священником. В 1858 году он получает наименование главного военного священника, и права его расширяются: ему предоставляется принадлежащее ранее епархиальным архиереям право назначать и увольнять военных священников, возбуждать против них при необходимости расследования.
     12 июня 1890 года было утверждено Положение об управлении церквями и военным духовенством, которое сохранялось до 1917 года. Заведование церквями и православным военным духовенством вверялось протопресвитеру военного и морского духовенства. Он назначался с согласия императора по представлению главнокомандующего войсками Петербургского военного округа и военного министра, который ходатайствовал перед Синодом о назначении протопресвитера военного духовенства. При протопресвитере существовало особое духовное правление, состоявшее из присутствия и канцелярии. Правление руководствовалось уставом духовной консистории, состояло из трех человек, избиравшихся протопресвитером из подведомственных ему и находящихся в Санкт-Петербурге «благонадежных протоиереев и священников». По своему рангу протопресвитер военного духовенства приравнивался к архиепископу, имел право на личные доклады царю. Его влияние распространялось на всю армию и флот России. По делам церковного управления он получал указания только от Синода, по делам военного ведомства - от военного министра.
     Связующим звеном между высшей военно-духовной властью и подчиненным ей военным духовенством являлись дивизионные благочинные. Они назначались и увольнялись протопресвитером, но в мирное время подчинялись по делам службы местному архиерею и были обязаны регулярно посещать подведомственные им церкви в воинских частях и гарнизонах, следить за преподаванием закона Божьего в полковых учебных командах для подготовки унтер-офицеров, рассматривать жалобы военных и местных лиц на полковых священнослужителей.
     Остальная часть военного духовенства состояла из полковых священников. В конце XIX века численность военного духовенства составляла 500 человек.
     В соответствии с приказом по военному ведомству от 26 ноября 1888 года в военное время учреждалась должность главного священника армий фронта. Он назначался Синодом по представлению протопресвитера и имел двойное подчинение: протопресвитеру - по церковным делам, начальнику канцелярии главного начальника снабжений - по военно-административному делу, ведал духовенством, состоящим при войсках, подчиненных главнокомандующему армиями фронта. Одна из причин введения этой должности - увеличение числа военных священников в военное время. Так, к концу 1915 года их было в армии более 5 тысяч.
     С началом войны учреждалась должность военных священников при штабах армий для работы с офицерами. Также должность военных священников была введена в госпиталях и лазаретах, которые оказывали помощь раненым, отпевали и хоронили умерших.
     В полках, учебных заведениях, штабах армий и округов были созданы храмы, а во время войны создавались походные церкви. Каждая воинская часть и военно-учебное заведение имели свою, особо почитаемую икону. Именно Церковь по сути своей являлась центром патриотического и духовно-нравственного воспитания воинов. В военных соборах и церквях были увековечены имена погибших в сражениях воинов с момента основания полков. Как правило, офицеры - поименно в хронологическом порядке по баталиям, а низшие чины - по количественным показателям. Доски с именами погибших моряков сохранились до настоящего времени в Александро-Невском кафедральном соборе. Есть памятные доски и в таллинской Казанской Рождества Богородицы церкви, которая в 1721-1919 гг. была гарнизонной.
     По своему положению в армии и на флоте военные священники не принимали непосредственного участия в боях с оружием в руках. Их оружием было Слово Божие. Они занимались отправлением религиозных служб и обрядов, нравственным воспитанием личного состава, просвещали молодое пополнение, провожали увольняемых в запас, с должным почтением провожали в последний путь погибших за Отечество на поле брани. Тем не менее многие из военных священников настолько героически выполняли свой долг перед Богом и Отечеством в военное время, что удостоены были не только церковных наград. Высшей награды в русской армии - ордена Святого Георгия - удостоены четыре военных священнослужителя: отец Василий Васильковский - священник 19-го егерского пехотного полка, отец Иов Каминский - священник Тобольского пехотного полка, отличившийся в войне с турками. В 1729 году он вместе с войсками переправился через Дунай и с крестом в руках первым вступил на неприятельский вал, где был тяжело ранен. Протоиерей Иоанн Пятибоков - священник Могилевского пехотного полка, воодушевлявший в 1854 году воинов на штурм батареи, расположенной на дунайском берегу, а также иеромонах Ионикий (Савинов), проявивший героизм во время Севастопольской обороны.