Значительное место в докладе было уделено вопросам возрождения института военного духовенства. 21 июля 2009 года, сказал Патриарх Московский и всея Руси Кирилл, Президент России Дмитрий Медведев поддержал инициативу руководителей традиционных религий России о воссоздании института военного духовенства. Это решение открыло новую страницу во взаимодействии Русской православной церкви и армии.
     С 1994 года деятельность духовенства в Вооруженных Силах регламентируется соглашением о сотрудничестве между Русской православной церковью и Министерством обороны России. Священнослужители, окормляющие военнослужащих, за эти годы обрели опыт практической работы в современной Российской армии. На нынешнем этапе, считает Предстоятель РПЦ, крайне важно в деле возрождения института военного духовенства опираться как на дореволюционный опыт Российской армии, так и на опыт деятельности капелланских структур зарубежных вооруженных сил.
     В 2010 году предполагается введение должностей помощников командиров по работе с верующими военнослужащими в каждом из воинских соединений Российской армии - на уровне бригад, дивизий. С 1 декабря 2009 года уже введены штатные должности 13 помощников командиров по работе с верующими, и все эти должности заняли священнослужители Русской православной церкви. В дальнейшем к работе по духовно-нравственному воспитанию военнослужащих, помимо Русской православной церкви, к которой принадлежат около 85 процентов верующих военнослужащих, присоединятся другие традиционные религии России, а именно: ислам, буддизм, иудаизм, представители которых также, хотя и в меньшинстве, представлены в Вооруженных Силах.
     Русской православной церкви необходимо выделить для служения на штатной основе около четырехсот священнослужителей. Учитывая неравномерную численность духовенства в епархиях и их концентрированность в европейской части России, кому-то из священнослужителей потребуется переехать к новым местам служения. В дальнейшем должны появиться учебные центры, которые по трехмесячной программе будут готовить клириков Русской православной церкви к специфическому служению в воинских частях. До этого времени в число священников, направляемых для окормления военнослужащих, должны войти как клирики, имеющие опыт служения в Вооруженных Силах, так и молодые священнослужители, имеющие богословское образование и годные к служению в походных условиях.