Пограничная служба ФСБ России богата опытом организации правоохранительной деятельности на морских направлениях в различных регионах. Береговая охрана ПС ФСБ России активно сотрудничает с пограничными ведомствами, береговой охраной в рамках форумов Северо-Атлантического, Тихоокеанского, Черноморского и Балтийского регионов. Об этом на брифинге сообщил журналистам заместитель руководителя службы - руководитель департамента береговой охраны Пограничной службы ФСБ России генерал-полковник Виктор Труфанов. По его словам, в 2009 году на морских направлениях проведено 128 международных встреч, в том числе 14 международных учений. Организовано 3 деловых захода пограничных сторожевых кораблей в порты зарубежных государств. Совершено 7 ответных визитов кораблей зарубежных партнеров в российские порты.
     В ноябре 2009 года на ХII Конференции руководителей пограничных ведомств государств региона Балтийского моря, прошедшей в Потсдаме (Германия), Российская Федерация в лице Пограничной службы ФСБ России приняла председательство в конференции. Первая встреча руководителей пограничных ведомств и береговой охраны государств Балтийского региона прошла в Хельсинки в июне 1997 года. Тогда было принято решение о названии структуры - Конференция по пограничному сотрудничеству в регионе Балтийского моря.
     Секретариат конференции действует на постоянной основе и состоит из трех представителей: России, Германии, Швеции. Секретариат определяет количество рабочих встреч, осуществляет подготовку и обеспечивает проведение данных встреч. Государства - участники Конференции по пограничному сотрудничеству в регионе Балтийского моря: Дания, Эстония, Финляндия, Германия, Исландия, Латвия, Литва, Норвегия, Польша, Россия, Швеция. Также представлена Белоруссия в качестве наблюдателя.
     Генерал-полковник Виктор Труфанов назвал наиболее актуальные угрозы Балтийскому региону в ближайшем будущем. Во-первых, это использование Балтийского региона в качестве транзитного канала международного наркотрафика. Во-вторых, деятельность преступных группировок по переправке через границу нелегальных мигрантов. И в-третьих, одной из угроз экономической безопасности балтийских государств остается контрабанда различных товаров.
     По общим оценкам участников конференции, российское участие в создаваемой информационной системе будет в целом способствовать повышению уровня морской безопасности.