Свою историю управление ведёт с июня 1991 года, когда решением министра обороны на базе историко-архивного отдела Генерального штаба был создан историко-архивный и военно-мемориальный центр Вооружённых Сил. Позднее с расширением спектра возложенных на него задач центр был переименован в управление.
     Сегодня в сферу деятельности этого подразделения Минобороны России входят вопросы, связанные с установлением судеб погибших или пропавших без вести защитников Отечества, паспортизацией воинских захоронений и их государственным учётом, деятельностью в области реализации межправительственных соглашений, координацией поисковой работы, а также выполнение других специфических задач. Благодаря деятельности управления был создан и размещён в открытом доступе в сети Интернет объединённый банк данных, содержащий сведения о погибших и пропавших без вести в годы Великой Отечественной войны и в послевоенный период, сформирован отдельный поисковый батальон, строится федеральное военно-мемориальное кладбище, ведётся работа по восстановлению и содержанию воинских кладбищ и памятников за рубежом, издаются фундаментальные научные труды по военно-исторической тематике.
     Знаковой и запоминающейся стала проведённая нынешним летом в Москве и приуроченная к 70-летию начала Великой Отечественной войны Международная выставка «Мемориал-2011», посвящённая выполнению межправительственных соглашений о воинских захоронениях. В организации мероприятия приняли участие специалисты Управления по увековечению памяти погибших при защите Отечества.