Храм в Балтийске (первоначально в честь святого праведного воина Феодора Ушакова) начал строиться в 2007 года по благословению митрополита Смоленского и Калининградского Кирилла, ныне Святейшего Патриарха Московского и всея Руси. Настоятелем храма был назначен епископ Балтийский Серафим. Четырёхтонный главный колокол был установлен на звоннице осенью 2010 года. 31 мая 2010 года на заседании Священного Синода было одобрено предложение Центра национальной славы России и Фонда святого всехвального апостола Андрея Первозванного освятить на границах Российской Федерации храмы во имя святого благоверного великого князя Александра Невского. В связи с этим строящийся в Балтийске храм был переименован в честь святого благоверного великого князя Александра Невского и получил статус патриаршего подворья.
     По окончании литургии в новоосвящённом храме Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл обратился к собравшимся с первосвятительским словом. Он, в частности, отметил: «Не случайно храмы святого Александра Невского возводятся сегодня на севере, на юге, на востоке и на западе нашей страны, потому что народ верит, что великий благоверный князь, жизнь свою отдавший за Родину, в двадцать лет сумевший разгромить во много раз превосходящего противника - шведов - на реке Неве, а вскоре и грозный Тевтонский орден на льду Чудского озера, блестящий полководец, мудрый дипломат, самоотверженный человек, прекрасный и внешностью, и духом своим, незримо присутствует среди нас... И очень важно, чтобы здесь, в Балтийске, на западном порубежье страны нашей, главной базе Балтийского флота, был храм, посвящённый этому великому святому и герою земли Русской. Верю, что здесь будут молиться военные моряки-балтийцы, молиться по примеру своих благочестивых предков, впитывая в сознание своё, в сердце своё величайший пример любви к Отечеству, беззаветного служения, жертвенности, мудрости и силы, явленный Александром Невским.
     Но Александр Невский является также примером для любого человека - не только во власти пребывающего и не только защищающего Родину, ведь его молитвами сохраняется земля Русская. Мы и называем его святым благоверным князем, потому что ныне он предстоит Лицу Божиему и молится за всех нас...»